ジャストシステムは iPhone 用の日本語入力メモアプリ ATOK Pad for iPhone をアップデートし、バージョン 1.6.0 としました。iTunes 経由でアップデートできます。

1.6.0 では QWERTY ソフトキーボードが iOS 標準と同じ配列を選択できるようになったとのことです。早速、試してみましたが、基本は同じですけど数字キーは出ないようです。

【バージョン 1.6.0】 2011年02月23日

iOS標準と同じ配列のQWERTYキーボードが選べるようになりました。
※初期値はオフです。[設定]からオンにしてご使用ください。
※[設定] > [ATOK] > [ソフトウェアキーボード] > [QWERTY] > [システム互換配列] > オン／オフ　
ATOKの辞書を最新版に更新しました。
アプリ連携で呼び出し元アプリに戻れなくなる不具合を改修しました。